Pada awal berdirinya tanggal 05 Juli 1989, sekolah ini bernama Sekolah Pendidikan Guru (SPG) Negeri SoE sebagai salah Satu Sekolah menengah Negeri pertama di Kabupaten Timor Tengah Selatan, yang beralamat di Jalan Gadjah Mada. Pada tanggal 12 Oktober 1991, Pemerintah melalui Dinas Pendidikan dan Kebudayaan mengubah nama SPG Negeri SoE menjadi SMPS (Sekolah Menengah Pekerjaan Sosial) Negeri SoE yang mana kurikulumnya mengaharuskan siswa melakukan pembelajaran selama 4 Tahun.

Pada tahun pelajaran 1999/2000 sekolah tersebut berganti nama SMK Negeri 2 SoE dan hingga saat ini memiliki 5 Kompetensi Keahlian yaitu (1).Perawatan Sosial (2) Administrasi Perkantoran (3) Busana Butik (4)Akomodasi Perhotelan (5)Teknik Komputer dan Jaringan

Saat ini SMK Negeri 2 SoE dipimpinan Oleh Bapak Ayub S. P. Sanam, S. Pd, Beliau telah memasuki pertengah masa kepemimpinan yang kedua sejak diangkat pada tahun 2014  lalu, dan telah banyak perubahan yang dicapai.

Sejak berdirinya sekolah ini maka, telah terjadi pergantian Kepala sekolah dan dapat diurutkan sebagai berikut :

  1. Tahun 1989-1993 dipimpin oleh Bapak Adisuprapto,BA
  2. Tahun 1993-1997 dipimpin oleh Bapak Uria Taimenas, BA
  3. Tahun 1997-2001 dipimpin oleh Bapak Jack Yohanis, BA
  4. Tahun 2001-2003 dipimpin oleh Ibu Yanse Abraham,BA
  5. Tahun 2005-2014 dipimpin oleh Bapak Drs. Simon P. A. Missa, M. Pd
  6. Tahun 2014 sampai sekarang dipimpin oleh Bapak Ayub S. P. Sanam, S. Pd